Ngân hàng điện tử đem lại nhất nhiều những sự tiện lợi là một bước nhảy lớn trong ngành ngân hàng toàn cầu là tiền lề cho sự phát triển e-commercer. Song bên cạnh đó thì Internet banking vẫn còn nhưng nhược điểm.
Thứ nhất có thể kể đến vốn đâu tư cho một hệ thống ngân hang điện tử vốn đầu tư ban đầu là khá lớn để có được một công nghệ hiện đại và đi đúng định hướng của thị trường. Ngoài ra còn có các chi phí dự phòng, chi phí bảo trì và chi phí phát triển hệ thống. Có một hệ thống hiện đại công nghệ cao lại cần nhưng nhân viên là những kỹ sư, các cán bộ có kỹ thuật tốt để quản trị hệ thống.chi phí lớn là một rào cản với các ngân hang thương mại vừa và nhỏ.
Độ rủi ro cao, tính an toàn và bảo mật của hệ thống ngân hàng điện tử luôn là vấn đề nan giải đối với bất kỳ ngân hang thương mại nào, Hầu hết các phần mềm hệ thống được nhập khẩu từ nước ngoài cho nên việc bảo trì cập nhật lấp lỗ hổng bảo mật chưa kịp thời và chưa được triệt để.
Thiếu các thông tin mơi, qua các dịch vụ của ngân hang điện tử khách hang không được nhận đầy đủ thông tin như qua cán bộ chuyên trách ngân hàng.
